El origen de la infección es una variante de la cepa H1N1,[59] con material genético proveniente de una cepa aviaria, dos cepas porcinas y una humana[60] que sufrió una mutación y dio un salto entre especies (o heterocontagio) de los cerdos a los humanos,[61] y contagiándose de persona a persona. Según expertos (como el jefe del Departamento de Microbiología del Hospital Mount Sinai de Toronto, el doctor Donald Low), está por confirmarse la relación entre el virus de la gripe porcina H1N1 y el de los casos confirmados en México.[62]

El 11 de junio de 2009 la Organización Mundial de la Salud (OMS) la clasificó como de nivel de alerta seis; es decir, pandemia actualmente en curso que involucra la aparición de brotes comunitarios (ocasionados localmente sin la presencia de una persona infectada proveniente de la región del brote inicial).[63] [64] Ese nivel de alerta no define la gravedad de la enfermedad producida por el virus, sino su extensión geográfica. La tasa de letalidad de la enfermedad que inicialmente fue alta, ha pasado a ser baja al iniciar los tratamientos antivirales a los que es sensible, sin embargo la futura evolución del virus es impredecible, como constata la directora general de la OMS Margaret Chan el 4 de mayo, ya que "puede que en un mes este virus desaparezca, puede que se quede como está o puede que se agrave."[65